青礁慈济宫又称东宫，位于厦门海沧镇青礁村崎山(岐山)东南麓，四周地域辽阔，景色秀丽。

该宫始建于南宋绍兴二十一年(1151)，奉祀北宋著名的民间医生吴夲（tao)。吴夲(979—1036)，字华基，号云冲，出身于福建龙海县白礁村的贫苦农民家庭，年青时云游四方拜师学医并选定青礁村作为其修道、炼丹、行医之处。吴夲不仅医术高明，且医德高尚，治病不分贵贱，不取报酬。宋明道二年(1033)漳州、泉州瘟疫流行，因吴夲义诊施药而得以存活者难以计数。民间还流传吴夲治愈宋仁宗母后的乳疾，被封为“妙道真人”而扬名四海的事迹。景祐三年(1036)五月初二，吴夲在文圃山采药不幸坠崖而死，时年58岁。

为缅怀吴夲的恩德，当地百姓自发在青礁龙湫坑吴夲炼丹之处建造了龙湫庵奉祀吴夲。南宋绍兴二十一年(1151)，经乡人吏部尚书颜师鲁奏请，宋高宗赐建青礁龙湫庙;乾道二年(1160)，孝宗赐庙号为“慈济”，故改名为青礁慈济庙。后因进香人数众多，又在吴夲出生地积善里另建白礁慈济庙，由此形成东西两庙。淳祐元年(1241)，奏敕改庙为宫，称为青礁慈济宫，也称东宫，白礁慈济宫则称西宫。

为彰示吴夲的德行，自宋代以来，历朝皇帝先后予以追赐封号之殊荣，其中尤以北宋仁宗追封的“妙道真人”和明成祖追封的“保生大帝”最为著名，吴夲亦因此被民间称为“吴真人”、“保生大帝”或“大道公”，成为备受后人敬仰的医神和乡土保护神。

明末清初，随着闽南人移民海外和赴台开发，对吴真人的信仰也广泛传入台湾和东南亚地区。至今，仅台湾就有数以百计的吴真人宫庙，还成立了“台湾保生大帝庙宇联谊会”。这些经由大陆传炉的宫庙都遥奉青礁慈济宫和龙海的白礁慈济济宫为祖宫，每年组织大规模进香团前来举办瞻仰法会。因此该宫在促进海峡两岸文化认同和文化交流方面发挥着重要的作用。

现存青礁慈济宫重建于清初，系重檐歇山顶砖石木结构三进建筑，坐西朝东，建筑面积1305平方米。中轴线自东向西逐渐增高，前殿重楼，由檐廊、门厅和钟鼓楼组成;中殿为正殿，内供吴真人神像，殿前有拜亭。后殿重建于1989年，内供佛道诸神。三殿由两侧廊庑通连。宫内保存大量珍贵的石雕、木雕、彩绘艺术品，体现了闽南匠师精湛的工艺水平。该宫还保存清康熙三十六年(1697)、嘉庆十九年(1814)、咸丰四年(1854)和光绪二十二年(1896)四方重修碑记，是研究宫庙历代沿革的重要文献资料，而宫庙西北侧山上的丹井、丹灶和石臼，则是吴夲当年采制药草使用过的文物。

1989年至1991年，台湾的吴真人信徒捐资重修三殿。2000年该宫经国家文物局批准，在祖宫两侧按历史原状修复文华殿和武英殿。

1988年由厦门市政府公布为第三批市级文物保护单位。

1991年由福建省政府公布为第三批省级文物保护单位。

1996年与白礁慈济宫共同由国务院公布为第四批全国重点文物保护单位，名为“青、白礁慈济宫”。

2001年，由厦门市人民政府公布为第一批厦门涉台文物古迹。